乙型肝炎病毒基因型的分子特征、临床意义和分型方法
HBV是已知最小的DNA病毒,部分双链的环形基因组,仅长3.2kb。其高度重叠的4个基因区编码至少8种蛋白。即S基因编码的大、中、小HBs;C基因的前C、HBc、HBe;P基因的聚合酶和X基因的HBx 3。HBV具有病毒复制产量高(1012-13病毒粒/天)和突变率高(1010-11点突变/天)的特征4。高突变是由于高复制,特别是由于基因组复制,需先转录为RNA中间体,但聚合酶缺乏校正功能所致。
一、HBV基因型和血清型的关系及流行病学分布
1965年Blumberg等发现“澳大利亚抗原”(HBsAg),导致了HBV的发现。1972年Lebouvier 等5根据HBsAg的共同抗原决定簇“a ”,和相互排斥的两对抗原决定簇“d/y和w/r”,将HBV分为adw,adr,ayw,和ayr 4个血清亚型。1978年Courouce-Pauty等6又将抗原决定簇w分为w1-4,加上新发现的q,HBV进一步分为ayw1,ayw2,ayw3,ayw4,ayr,adw2,adw4,adrq+和adrq- 9个血清亚型。血清亚型仅反映部分包膜蛋白氨基酸的差异,除流行病学外,有关临床资料较少。
1988年Okamoto等7分析日本和印尼的3株adw亚型全基因序列,其核苷酸的差异为3.9-5.6 %,而与同亚型美国株的差异为8.3-9.3 %。认识到血清型不能反映HBV基因组的差异。遂对18株不同血清型HBV,进行了测序和分析,并以全基因核苷酸异源性≥8%,定为分型标准,将HBV分为A、B、C、D 4个基因型。由此,提出了HBV基因型的概念。按此标准,1992年Norder等8,发现E和F两种新的基因型;2000年和2002年Stuyver等9和Arauz-Ruiz等10又分别发现了G和H基因型。迄今,确定的HBV基因型已达8个。此外,还发现了A/D, B/C, Ba 和 Bj 等不同重组体4。Bj 主要在日本,Ba在其他亚洲地区11。HBV血清型和基因型有一定对应性,但不同血清型可为同一基因型,同一血清型又可分布于不同基因型,两者关系和优势基因型的地域流行病学分布12,13,分列于表1。
二、HBV基因型和分子病毒学:
1. 基因组长度: B,C,F和H基因型为3215核苷酸(nt)。D基因型在前S1缺失33 nt,G基因型在同区缺失3 nt,A基因型在与核心基因重叠的聚合酶基因末端蛋白区插入6 nt,G基因型在核心基因N端插入36 nt,因而长度各异9。各型基因组的实际长度见表1。
2. HBeAg 相关的前C(PC)和C区基本核心启动子(BCP)突变: PC nt
3. 核心蛋白:G基因型因在核心基因 N端插入了36个核苷酸,其核心蛋白的组成和其他基因型不同9。A基因型密码子D153和R154的C端有两个氨基酸的插入。核心蛋白的主要HLA I类CTL表位,定位于密码子18-27,C基因型和某些B和F基因型变异株的密码子27为I(异亮氨酸),其他基因型为V(缬氨酸)。
4. 包膜和聚合酶蛋白:HBV基因组有3个包膜读码框架,前S1, 前S2和S 。D基因型和南非的A基因型前S1蛋白截去11个氨基酸19,20。E和G基因型在密码子11处有单个氨基酸缺失。前S1的这些缺失,位于重叠ORF的聚合酶基因间隔区。Huy等53报告流行HBV的亚洲国家中,HBV前S的突变率高,B和C基因型分别为25%和24.5%,显著高于其他型。
表1 HBV基因型和血清学亚型、HBV蛋白、PC/BCP突变的关系及主要流行地域
基因型 | 血清学 亚型 | 基因组 长度 (nt) | HBV蛋白 (推算氨基酸数) | 临床研究 测得的突变频率 | 主要流行地域 | ||||
前- S1* | 聚合酶 | 核 心 | PC ** (G | BCP*** (1762/ 1764) | |||||
A | adw2, ayw1 | 3221 | 119 | 845 | 185 | 6.5% (少见)21 (C1858) | 45%21 (常见) | 西欧,北欧,北美洲, 中非洲,印度 | |
B | adw2, ayw1 | 3215 | 119 | 843 | 183 | 50% (常见)22 (T1858) | 16%22,25 | 东南亚,中国, 日本 | |
C | ayr, adrq+ adrq-, adr adw2 | 3215 | 119 | 843 | 183 | 50% (常见)22 (T1858或 C1858) | 58%22 (常见) | 东南亚,中国, 日本,澳洲, 美国 | |
D | ayw2,ayw3 ayw4 | 3182 | 108 | 832 | 183 | 43% (常见)21 (T1858) | 12%21 (低) | 地中海区,俄国, 印度,美国 | |
E | ayw4 | 3212 | 118 | 842 | 183 | 27% (中度) 24 | 7%24(低) | 西非洲 | |
F | ayw4,adw2 adw4q- | 3215 | 119 | 843 | 183 | 16% (少见)25,26 (C1858) | 未定 | 中美洲,南美洲, 波利尼西亚 | |
G | adw2 | 3248 | 108 | 842 | 195 | 100% (高)27 | 未定 | 中美洲,美国, 法国,德国 | |
H | adw4 | 3215 | 119 | 843 | 183 | 未定 | 中美洲,南美洲,美国 | ||
*前-S2=55氨基酸(aa), S=226aa; **PC=前核心突变; ***BCP=基本核心启动子
三、HBV基因型与临床
1. 实验室表现:不同HBV基因型病人的临床血清、病毒、生化和组织学的实验室表现不同。一项美国全国性研究显示,A和C基因型有较高的HBeAg阳性率28。Kao等29,30报告,台湾C基因型的HBeAg阳性率和血清HBV DNA水平均高于B基因型,慢性HBV感染的HBeAg血清转换也比B基因型迟。Orito等31在466例日本病人的研究中,C和B基因型的HBeAg阳性率分别为53%和16%,提示B基因型的清除率较高。Chu等32对269例中国病人的研究发现,B基因型的HBeAg自发血清转换比基因型C提前约10年,并证明这种转换具有持续的生化缓解。Shiina等33发现adw 血清型(主要是基因型B)的肝脏机能障碍(如转氨酶水平异常)较adr血清型(主要是基因型C)要少。Lindh等34发现,B基因型表面抗原携带者的组织学活动较低。B和C 基因型的临床和病毒学差异35见表2。
